nevkon, спасибо!
Перешил загрузчик двух своих мег2561 при помощи Rspberry Pi 3. Вот моя последовательность действий:
Raspberry Pi3, 2016-09-23-raspbian-jessie
1) sudo apt-get install avrdude
2) правим (нужны root права) /etc/avrdude.conf :
находим строку id = "linuxspi" и уменьшаем baudrate (на 4 строки ниже) до 100000
3) Сбрасываем Мегу путем перепрошивки с ключом -ee последней прошивкой под старый загрузчик
4) Вскрываем Мегу и соединяем пины (я соединял без резисторов)см. фото:
https://yadi.sk/i/HzgWuQ1UwSnYV
ПРИ ТАКОЙ СХЕМЕ ПОДКЛЮЧЕНИЯ ПИТАНИЕ ПОДАЕМ ТОЛЬКО НА Raspberry Pi! Мегу к питанию не подключаем!
(UPD: Мега2561 берет более 120мА по шине 3.3В! читаем ниже предупреждение уважаемого nevkon)
ПРИ ДВОЙНОМ ПИТАНИИ (рекомендуется) не соединяем коричневый провод
5)Кладем в папку загрузчик и последнюю прошивку, не знаю нужно ли шить отдельно загрузчик, но я шил
6)Находясь в папке шьем:
sudo avrdude -p m2561 -c linuxspi -P /dev/spidev0.0 -U flash:w:megad-boot.hex
(UPD: НЕ НУЖНО! см ниже ) sudo avrdude -p m2561 -c linuxspi -P /dev/spidev0.0 -U flash:w:megad-2561.hex